故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉（川久保拓司饰）是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。

奈克赛斯奥特曼是圆谷特摄剧《奈克赛斯奥特曼》的主人公。诺亚·奥特曼降临地球与真木舜一相遇后，退化回了最初的奈克斯特·奥特曼形态，在新宿决战中消灭了THE ONE以后，N之光又以奈克赛斯的形象出现，通过和适能者们的接触，赐予他们变身为奥特曼的能力和异生兽战斗。

“奈克赛斯（Nexus）”的名字象征着连结、纽带的意义，正如他的光之力量相继在摄影师·姬矢准、普罗米修斯少年·千树怜、夜袭队副队长·西条凪还有夜袭队队员孤门一辉等人手中被继承一样。众多的羁绊，也使光之力量在传承的过程中不断地进化复苏，最终以诺亚奥特曼的姿态消灭黑暗扎基后离开了地球 [1]  。